Logan dachte, er hätte mit seinem Leben als Wolverine abgeschlossen, aber die Vergangenheit war noch nicht fertig mit ihm. Drei Jahre, nachdem er sein Team verlassen hat, schließt sich Wolverine in der dunkelsten Stunde der Mutanten-Task-Force Team X wieder an. Angetrieben von seinem fanatischen Glauben an die Überlegenheit der Menschen, entführt Bolivar Trask Mutanten. Nur Wolverine hat das Zeug dazu, sie zu retten.