Während zwischen Rubin und Saphir ein heftiger Streit entbrennt, nimmt die Lage in der Hoenn-Region immer bedrohlichere Ausmaße an: Mittlerweile haben sich nämlich Team Magma und Team Aqua verbünet, um die beiden urzeitlichen Pokemon wiederzuerwecken! Ob es den beiden Streithähnen gelingt, ihre Differenzen beizulegen und die Schurken aufzuhalten...?!